.hack//Mutation: Part 2 (2002)
Kite continua la sua ricerca ossessiva: un amico è ancora in coma e le risposte restano sepolte nel codice di The World. Questo RPG simula l'ecosistema di un MMORPG alla EverQuest, tra bacheche, email e server da esplorare. Si scambiano equipaggiamenti, si reclutano alleati tramite indirizzi digitali e si affrontano missioni secondarie. In questo secondo capitolo l'intelligenza artificiale dei compagni evolve, mentre entrano in gioco i gestori del sistema e l'hacker Helba. Tra i segreti della beta originale, chiamata Fragments, e il mistero di Aura, la trama si infittisce. I personaggi del primo atto tornano in gioco tramite l'importazione dei dati.